除开放多种登记形式外，是否存在更加灵活的登记形式，能够既尽可能地为涉及宗教的内部管理事务定分止争，谨慎排除司法权力对宗教教义的解释，又规范宗教组织的财产利用?这颇值思虑。
宗教组织内部可能发生的混乱往往基于内部权限的失序，法律为宗教法人设定特定法人类型的管理体制，旨在促进宗教组织内部财务管理的规范化，使得宗教活动有序化。然而，宗教组织作为一种特殊的社会团体，其存续时间远远早于“法人”概念出现之时，“财团法人”、“社团法人”的概念并非为宗教组织量身定制。从历史上延续下来的宗教管理习惯，如果囿于法人类型的制度安排而做出强行调整，改变历史传袭的分配资源的策略，加之不同的时期、不同的约束条件等不确定因素，将可能导致宗教组织内部管理的失序，背离使宗教活动有序化的初衷。从组织学上看，组织形式是被决定的，同时，组织自身具有一定意义上自发定位的功能，如果组织形式被管制行为强制改变，该组织管制本身将消耗巨大成本。
作为特别法的规制对象，宗教组织适用法人概念时，如果不触动及适用现有的财团法人和社团法人的分类，是否对功能实现产生障碍?答案应当是否定的。
相对于移植而来的民法法人分类，许多组织形式的法人类型定位颇值得怀疑，合作社、祭田、祭祀公业等便是显著的例子。祭祀公业是典型的中国习惯法上的事物，在我国台湾地区，日据时代祭祀公业被视为习惯法人，以使祭祀公业适应日本法以及日本政策，而当我国台湾地区脱离殖民地统治之后，民国时期大理院的看法得以恢复，通说认为祭祀公业类似于祠堂族产，从而将祭祀公业视为共同共有。。戴炎辉先生认为，祭祀公业的性质应属于日耳曼法的法人(Korperschaft)，即“实在的综合人”(reale Gesammtperson) o⑧有学说即放弃强行将祭祀公业在现代法人体系中进行准确归类的做法，笼而统之地认定为“习惯上的法人”，无须勉强探究其与民法上法人类似之点，只要研究祭祀公业本身之法人性质即可。。王泽鉴先生亦认为，祭祀公业不需考虑是否具备社团法人或财团法人的要件，“均得视为法人的习惯”。。这样处理，使与祭祀公业相关的习惯可能为司法机构采信而获得习惯法上的效力，这些祭祀公业的民间习惯作为裁决此类案件的依据，扩大了裁判该类案件的法源范围，防止了司法判决与民间习惯相悖。。
在我国台湾地区的一则案例中，祖堂祭祀产业的祖中有两个较小的房请求分割祖地以便各房独立管理所分得的财产。习惯法上，分割祖地导致祭祀公业的瓦解，家族制中共居的社会结构存在瓦解的风险，因此，祭祀公业中的部分成员一般不能请求分产。“祖和家堂的土地意味着不可移转、不可分割和永久性的持有。未能将土地原封不动地传给后代，就严重地违背了中国习惯法。”。
法人是组织学上的重大突破，是组织的合同责任和侵权责任的基础。界定宗教组织为习惯法上的法人，并不影响我国目前几大宗教财产问题的解决。实务中出现的一些纠纷的例子包括:由于寺院无法开立账户，财产登记在主事僧侣名下，主事僧侣圆寂后，产生世俗亲属与寺院的遗产纠纷;。作为文物保护单位的宗教场所屡被租赁为商业场所(诸如被用作运营餐饮业);。拆迁寺院时，由施工方与宗教管理部门、佛教协会三方协商决定，而没有吸取寺院作为拆迁协调活动参与方。。笔者认为，以上问题多与法人的独立人格有关，而与法人系财团法人抑或社团法人所涉内部管理结构无关。
值得说明的是，“习惯法上的法人”在含义上不同于上文提到的“宗教法人”。如前所述，有研究者提出的立法方式即在社团法人与财团法人之外创设第三种宗教法人;但“习惯法上的法人”并不基于立法创设，而是基于司法过程中对于作为法源的习惯法的解释，“习惯法上的法人”并不一定脱离社团法人与财团法人而自成一体，部分宗教团体依然可以按照本团体的特征与宗教习惯选择成立与社团或财团结构一致的法人。
如果采用“习惯法上的法人”一说，是否宗教法人的治理规则今后就完全没有更改的空间了呢?答案同样是否定的。将宗教法人视为“习惯法上的法人”，是遵循制度变迁的规律，并不意味着传统规则没有任何解释和突破的余地。例如，在我国《物权法》中物权法定原则的背景之下，许多正在形成的习惯法亦受到学者关注，例如后让与担保、⑩广西“打茅标”习惯法等。有学者认为，广西金秀瑶族自治县六巷“打茅标”习惯法具有支配、宣告、警告、排他、追及效力，为习惯法上的物权先占取得。“打茅标’现象表明了当代中国物权习惯法的客观存在，应当充分认识这一习惯法规范的效力和功能。。
我国宗教遵循自办自养政策，除了道教之外，五大宗教文化在历史上由远及近均是舶来生根，运行机制、宗教习惯与域外存在一定相异之处。而参照域外民法典进行法律移植，“至少必须同时关注社会的经济和组织变迁”。
可以参考比较的是我国台湾地区台北“市政府民政局”《申请设立宗教财团法人基金会须知》第6页和第7页所载的说明，申请台北“市政府”许可者，其设立基金为一千万元以上。高雄“市政府民政局’，于1997年10月所编印的《高雄市申请筹组宗教财团法人须知》中则规定:“申请本局许可设立之财团法人宗教基金会，其设立基金最低标准为新台币三千万元。”如果仅仅采用财团法人的架构，我国许多宗教场所未必能满足设立财团法人基金的最低标准。法人化使得满足基金会运行最低资金标准的大型宗教场所的公信力得到进一步提升，可能发生的情况是，信众捐献将更加呈现“两极化”的态势，部分地区的民间信仰、宗教型文化遗产将不得不依赖于财政资金维持运行与传承。同时，对照佛教丛林制度、天主教主教负责制、基督教传统管理体制等运行结构可以发现，其与社团法人、财团法人的结构未必完全契合，在实际运行过程中出现的情况往往是修正或是虚置了传统民法对于社团法人与财团法人的结构厘定，实质上还是按照习惯法完成了社会团体的法人化。有学者认为，宗教组织既不宜设计为社团法人，亦不宜设计为财团法人，而应当设计为宗教法人。。此种新的法人形态如何建立，应当兼顾宗教团体具有社员(人)的集合和财产的集合这二重属性。。其实，该建议的本旨仍是回归到宗教习惯上进行论证。
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