在比较法上,宗教法人的设定可见诸日本法。日本1951年颁布《宗教法人法》后几经修订,体现宪法确立的基本宗教原则,建立了宗教法人管理的认证制度,对于宗教法人合法权益的保护做了明确规定,详细规定了宗教法人的特征及认定、设立和废止时的公告制度、法人代表及决议机构、法人合并和变更。在日本法上,设定“宗教法人”为法人类型,宗教首领离世时,宗教设施以及建筑不会发生继承权问题,也免除了巨额的继承税。作为宗教法人的宗教组织与管理宗教的宗教人士各自承担不同的权利义务,宗教法人因宗教活动而对其所得收入享有免税待遇,而宗教人士如住持僧人等领取薪水时依然需要缴纳个人所得税。作为拥有法人地位的宗教团体,必须制作宗教法人财政会计账簿以及各种相关文件以备查询。由此管窥,宗教法人的制度必然与该语境下的税制等经济制度有所关联。
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基于日本民法的法人分类,民事主体的法人部分分成财团法人或社团法人,但日本《宗教法人法》不对宗教进行财团法人或社团法人的区分。在学理上区分,则宗教团体基本上归类为社团法人,部分宗教团体以家族为主进行组织设计,一般人数较少,更符合财团法人的形式。日本《宗教法人法》第2条将拥有礼拜设施的神社、寺院、教会、修道院、其他类似团体以及以上团体的“教派、宗派、教团、教会、修道院、主教区等其他类似团体”都称为该法上的“宗教团体”,可以依据该法成立为法人。据此,宗教组织及其“分支机构”均可以成立宗教法人。
日本早稻田大学学者棚村政行教授告知笔者,日本同样存在有宗教团体没有进行登记的现象,由于无呈报制度,具体未登记宗教团体的数量不明。部分宗教团体以环境、世界和平为名目进行登记,因而没有办法掌握这些宗教团体的数目。另有部分宗教法人成立其他法人,例如设立学校法人、医院法人等。从团体的层面上看,可以认为是“宗教法人(社团法人)”、“宗教法人(财团法人)”,只要该团体是宗教法人即可免税。