佛教的“三世因果”学说是建立在“缘起性空”的理论基础上而提出的。佛教认为人由五蕴和合而成，没有永恒不变的实体或灵魂存在。但囿于中国人传统的鬼魂学说思想，以为佛教所主张的三世因果之说在于宣扬人死精神不灭、灵魂可以再生。这种对佛教教义的曲解，就连当时那些通达儒学而学佛的人也多半深陷于此而不能自拔。由于中土人士的“佛之有无，寄于神理存灭”的理念，以东晋僧人慧远为代表的佛教徒主张“神不灭”，并大力宣扬和捍卫其神不灭的理论，以至于在南北朝时期围绕着神灭与神不灭，对生死、果报等展开了一场空前大论战。其中，慧远的形尽神不灭“三报论”和梁武帝的“神明成佛义”是为最典型的中国化的佛教轮回观，它们都是中印思想文化交融发展的产物。佛教的教义学说经慧远、梁武帝等人的加工和发挥，糕合并掺入了许多中国本土的迷信思想，于是形成了一套独特的天堂地狱轮回报应学说，并在中土产生了极其广泛深远的影响。但值得强调的是，中国化的佛教各宗各派，特别是禅宗，并不附同这一套新的理论学说，它更强调的是当下解脱或顿悟成佛的思想。

    佛教与道教的矛盾和冲突更为激烈。由于二者在教义上的差异，致使在许多基本观点上的对立。如“佛法以有形为空幻”，“道法以吾我为真实”(谢镇之《与顾道士书))); “释氏即物为空，空物为一，老氏有无两行，空有为异”(慧林《黑白论》);释称“涅架”，道言“仙化”;释云“无生”，道称“不死”(((弘明集卷七》)，等等。为了争夺宗教地位，经常辩论佛道先后高下。如两晋道士编造《老子化胡经》，说老子西游化胡成佛，创立佛教，以释迎牟尼为弟子。佛教徒针锋相对并以编造《清净法行经》大势渲染，说佛派三弟子教化震旦，儒童菩萨是孔丘，光净菩萨是颜渊，摩诃迎叶为老子。这种争论一直延续到唐末。