1934年黄慕松入藏以后，自民初中断的西藏与中央政府的关系开始全面恢复。此后，随着日本侵略者的步步紧逼，国民政府开始将其经营的重点由东南沿海转向大西南、大西北，而对于将来作为对日作战大后方的西藏，国民政府也越来越重视，对于西藏的经营日益加强。1936年，国民政府委派“熟悉边务”的吴忠信为蒙藏委员会委员长，吴忠信通过一系列措施来加强对于西藏的经营和管理。他于1938年一1940年间，参与了达赖喇嘛灵童的寻访认定，曾亲自护送十四世达赖喇嘛回藏并代表中央政府主持了其坐床大典，又于1940年4月在拉萨设立了蒙藏委员会驻藏办事处，这是民国时期中央政府在西藏首次设立常驻机构，使得中央政府对于西藏的经营达到了新高度。与此同时，西北边睡的新疆也发生了政治剧变。1933年4月，新疆发生了“四一二”政变，金树仁被推翻，盛世才继任新疆边防督办。盛世才上台后，以“反帝、亲苏”作为其施政纲领的基础，而其实质就是在紧密依靠苏联的同时，将英、日等帝国主义的势力从新疆排挤出去，同时对于南京国民政府也是貌合神离。至于当时的西藏，一方面与南京国民政府的关系日益紧密，另一方面与英国仍然保持着千丝万缕的联系，自然成为盛世才的防范对象之一，因此，新疆地方政府对于蒙古族藏传佛教再次采取了限制政策。