但是，陈独秀提到的“科学”概念非常空泛，很难看出它的确指:它既不完全是给物质领域带来进步的科学技术，也不是渗透到现代社会意识形态各领域的科学理念和科学方法。因此，当被问及科学是否能使人达到最终之解脱时，他只好以“科学之进步，前途尚远”作模糊处理，把问题推向不可知的未来。科学以及理性精神的内涵和外延没有深入细致的梳理，导致了“科学代替宗教”的理论显得不堪一击，因而，它在后来也没得到应有的重视。狭义的科学以理性的逻辑思维为工具，主要指向外部的现实世界，如果说它在激发人们积极向上的信心方面还可勉强胜任，那么在使人脱离痛苦达到宁静快乐而超脱现世方面，它显然赶不上以情感慰藉为主的宗教。

    蔡元培提出的“美育代替宗教”正是从美术(文学)的感化作用优于宗教来立论的。“宗教所最有密切关系者，唯有情感作用，即所谓美感”，但从历史的发展来看，“美术之进化史，实亦有脱离宗教之趋势”，“及文艺复兴之后，各种美术渐离宗教而尚人文”。超越功利性的文学和美学，更能符合人们填补神像毁灭后形成的心灵空白的需要，替代宗教突情感抚慰和灵魂再造的作用。

    也有人提出了“哲学代替宗教”说。如果说宗教侧重“信”，那么以形上思维为工具来把握世界的哲学更侧重于“智”。蔡元培在《哲学大纲》中论述了哲学与宗教“迭为主客”的交替发展关系。欧洲哲学历经与宗教神学交融的古希腊罗马时期和中世纪之后，于十七世纪“复为独立之科学，且欲以哲学之理想为信仰之标准，而建设智力之宗教，复以宗教为哲学之隶属焉”。他引用康德的观点，认为“哲学与宗教，各有其范围，而不必互相干涉”，哲学家主要从事于概念、经验之感觉内范围，而宗教家“当游神于感觉界以外，循人类最高之希望，而贻以修养之法”。二者的关系应当是径渭分明互不干涉的，如果哲学家“对于万有最早之原因及其最后之鹊的欲以理论证明之，则为侵入宗教之范围，而终无自而解决”，同样，如果宗教家“对于科学之结论”“欲以经训反对之，则亦徒为无谓之纷争，而自陷于谬误耳”;就当时哲学界和神学界的发展趋势来看，这种分离的局面仍将持续“而守其互相干涉之戒焉”。此外，冯友兰等人也有类似“哲学代替宗教”的说法，因与本文关系较远，此处暂不作讨论。